De taken van het Faunafonds bestaan uit:
Het Faunafonds streeft de bovengenoemde doelstellingen na door onder andere het bevorderen of laten uitvoeren van wetenschappelijk onderzoek en het bevorderen van voorlichting.
Het bestuur van het Faunafonds heeft beleidsregels opgesteld voor tegemoetkomingen in de schade aangericht door beschermde inheemse diersoorten. Deze beleidsregels zijn te vinden op de website van het Faunafonds.